Laboratoire de Biochimie, Ecole Polytechnique, CNRS, UMR 7654, Palaiseau Role of aIF1 in Pyrococcus abyssi translation initiation Nucleic Acids Res. 2018,46,11061-11074. doi: 10.1093/nar/gky85Auriane Monestier, Christine Lazennec-Schurdevin, Pierre-Damien Coureux, Yves Mechulam and Emmanuelle Schmitt
Cv
Auriane Monestier, 29 ans, est actuellement en post-doctorat à l’INRA de Jouy-en-Josas. Après avoir obtenu une licence en biologie santé et un master en génomique, biologie moléculaire et microbiologie à l’université Paris-Sud, elle a soutenu son doctorat au laboratoire de Biochimie de l’École Polytechnique sous la direction d’Emmanuelle Schmitt. Au cours de sa thèse, elle s’est intéressée à la formation du complexe de démarrage de la traduction chez les Archées. Ses travaux ont permis de mettre en évidence, par des expériences de toe-printing et d’anisotropie de fluorescence, le rôle des différents facteurs de démarrage de la traduction dans la formation du complexe de démarrage. En particulier, les travaux publiés dans le journal Nucleic Acids Research décrivent celui du petit facteur aIF1. Ces résultats viennent compléter une étude réalisée par cryo-ME suggérant un balayage local de l’ARNm par le complexe avant l’appariement définitif de l’ARNt initiateur au codon de démarrage.
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INRA, équipe GME institut Micalis
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Résumé de l'article
In archaeal translation initiation, a preinitiation complex (PIC) made up of aIF1, aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNAiMet) and mRNA bound to the small ribosomal subunit is responsible for start codon selection. Many archaeal mRNAs contain a Shine-Dalgarno (SD) sequence allowing the PIC to be prepositioned in the vicinity of the start codon. Nevertheless, cryo-EM studies have suggested local scanning to definitely establish base pairing of the start codon with the tRNA anticodon. Here, using fluorescence anisotropy, we show that aIF1 and mRNA have synergistic binding to the Pyrococcus abyssi 30S. Stability of 30S:mRNA:aIF1 strongly depends on the SD sequence. Further, toeprinting experiments show that aIF1-containing PICs display a dynamic conformation with the tRNA not firmly accommodated in the P site. AIF1-induced destabilization of the PIC is favorable for proofreading erroneous initiation complexes. After aIF1 departure, the stability of the PIC increases reflecting initiator tRNA fully basepaired to the start codon. Altogether, our data support the idea that some of the main events governing start codon selection in eukaryotes and archaea occur within a common structural and functional core. However, idiosyncratic features in loop 1 sequence involved in 30S:mRNA binding suggest adjustments of e/aIF1 functioning in the two domains.
