INSERM U1065 C3M, Team control of gene expression Nice, FrancePost-transcriptional gene silencing mediated by microRNAs is controlled by nucleoplasmic Sfpq Nat Commun. 2017 Oct 30;8(1):1189. doi: 10.1038/s41467-017-01126-x Bottini S, Hamouda-Tekaya N, Mategot R, Zaragosi LE, Audebert S, Pisano S, Grandjean V, Mauduit C, Benahmed M, Barbry P, Repetto E, Trabucchi M.
Cv
"Silvia Bottini, 33 ans, est chercheuse post-doctorante depuis quatre ans à l’Inserm U1065 dans l’équipe du Dr. Michele Trabucchi. Ses recherches portent sur la caractérisation et le développement de nouvelles approches bio-informatiques pour identifier et découvrir les caractéristiques régissant le réseau d'interaction ARN-protéine dans des systèmes expérimentales in vitro et in vivo. Elle a obtenu son doctorat en bio-informatique à l’Université de Sienne (Italie) dans le laboratoire de génomique Novartis Vaccines, dirigée par le Dr Claudio Donati, sous la direction du Dr Alessandro Muzzi. Lors de son doctorat elle a développé le pipeline informatique «PIPE-chipSAD» dédié à l’étude de transcriptome bactérien à partir des résultats d’expériences de puces à haute densité intégrant l'analyse du signal d'hybridation avec la position génomique des sondes et identifiant les transcrits. En octobre 2014, elle a rejoint l’équipe du Dr. Michele Trabucchi dans le Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire (Inserm U1065) à Nice pour étudier la régulation de l'expression des gènes par les miARN. Ses travaux ont notamment démontré que la protéine de liaison aux ARN Sfpq contrôle l’activité des miRNA de manière dépendante de l’ARN. Ces données révèlent que cette protéine va contrôler l’adressage de miRNA vers les ARN régulés dans le nucléoplasme puis le cytoplasme.
Contact
Silvia Bottini, PhD
Control of Gene Expression INSERM U1065, C3M
University of Nice Sophia-Antipolis
151, route de St-Antoine-de-Ginestière
B.P. 2 3194
06204 - NICE CEDEX 3
France
Phone +33-489-0642-56
http://trabucchilab.unice.fr/
Résumé de l'article
There is a growing body of evidence about the presence and the activity of the miRISC in the nucleus of mammalian cells. Here, we show by quantitative proteomic analysis that Ago2 interacts with the nucleoplasmic protein Sfpq in an RNA-dependent fashion. By a combination of HITS-CLIP and transcriptomic analyses, we demonstrate that Sfpq directly controls the miRNA targeting of a subset of binding sites by local binding. Sfpq modulates miRNA targeting in both nucleoplasm and cytoplasm, indicating a nucleoplasmic commitment of Sfpq-target mRNAs that globally influences miRNA modes of action. Mechanistically, Sfpq binds to a sizeable set of long 3'UTRs forming aggregates to optimize miRNA positioning/recruitment at selected binding sites, including let-7a binding to Lin28A 3'UTR. Our results extend the miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing into the nucleoplasm and indicate that an Sfpq-dependent strategy for controlling miRNA activity takes place in cells, contributing to the complexity of miRNA-dependent gene expression control.
