UMR CNRS/P7 7212 - Inserm U944 - Université Paris Diderot JASSA: a comprehensive tool for prediction of SUMOylation sites and SIMs Bioinformatics. 2015 Nov 1;31(21):3483-91 Beauclair G, Bridier-Nahmias A, Zagury JF, Saïb A, Zamborlini A
Cv
Agé de 28 ans et issu d’une formation en infectiologie à l’Université Paris-Diderot, j’ai réalisé mon doctorat dans l’équipe « Dynamique des Rétrovirus et des Rétrotransposons » dirigée par le Pr. Ali Saïb à Paris. Mes travaux ont porté sur le rôle de la SUMOylation dans la réplication du VIH-1. Cette modification post-traductionnelle intervient dans de nombreux processus cellulaires physiologiques et pathologiques, tels que les infections virales. Similaire à l’ubiquitinylation, elle consiste en la conjugaison de protéines SUMO à des résidus Lysine situés dans une séquence consensus. Les protéines SUMOylées peuvent interagir avec des partenaires portant un motif d’interaction pour SUMO (SIM). La prédiction de sites de SUMOylation et/ou SIM dans une protéine d’intérêt est une étape importante en amont d'une analyse expérimentale. Pour ce faire, nous avons développé JASSA, un outil accessible librement en ligne (www.jassa.fr) et facile d’utilisation, permettant de prédire les motifs SUMO et SIM. Des analyses comparatives ont montré que JASSA obtient des résultats similaires ou meilleurs que les outils bio-informatiques existants. Actuellement en post-doctorat dans le laboratoire du Pr. Thomas Schulz à Hanovre (Allemagne), je continue d’étudier les modifications post-traductionnelles régulant ou régulées par les virus.
Contact
UMR CNRS/P7 7212 - Inserm U944
Molecular Pathology and Virology Research Unit
Dynamic of Retroviruses and Retrotransposons Team
University Institute of Hematology (IUH)-St Louis Hospital
16 rue de la Grange aux Belles75010 Paris
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Résumé de l'article
MOTIVATION: Post-translational modification by the Small Ubiquitin-like Modifier (SUMO) proteins, a process termed SUMOylation, is involved in many fundamental cellular processes. SUMO proteins are conjugated to a protein substrate, creating an interface for the recruitment of cofactors harboring SUMO-interacting motifs (SIMs). Mapping both SUMO-conjugation sites and SIMs is required to study the functional consequence of SUMOylation. To define the best candidate sites for experimental validation we designed JASSA, a Joint Analyzer of SUMOylation site and SIMs.
RESULTS: JASSA is a predictor that uses a scoring system based on a Position Frequency Matrix derived from the alignment of experimental SUMOylation sites or SIMs. Compared with existing web-tools, JASSA displays on par or better performances. Novel features were implemented towards a better evaluation of the prediction, including identification of database hits matching the query sequence and representation of candidate sites within the secondary structural elements and/or the 3D fold of the protein of interest, retrievable from deposited PDB files.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: JASSA is freely accessible at http://www.jassa.fr/. Website is implemented in PHP and MySQL, with all majorbrowsers supported.
