Université de Strasbourg, Architecture et Réactivité de l'ARN, UPR 9002 StrasbourgFluorogenic RNA Mango aptamers for imaging small non-coding RNAs in mammalian cells. Nat Commun. 2018 Feb 13;9(1):656. doi: 10.1038/s41467-018-02993-8 Autour A, C Y Jeng S, D Cawte A, Abdolahzadeh A, Galli A, Panchapakesan SSS, Rueda D, Ryckelynck M, Unrau PJ
Cv
Alexis Autour, 29 ans, a obtenu une licence en faculté des sciences de la vie suivie d’un Master en biologie moléculaire à l’université de Strasbourg. Il est actuellement doctorant en dernière année, dans l’équipe « biologie digitale de l’ARN » dirigée par le Dr Michaël Ryckelynck à l’Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC) à Strasbourg. Son projet de thèse s’axe sur l’amélioration des propriétés d’ARN fluorogènes via une stratégie de criblage à ultra haut débit, la microfluidique en gouttes. Les ARN fluorogènes sont des aptamères capables de reconnaître spécifiquement un fluorophore et de former avec celui-ci un complexe fluorescent pouvant être utilisé comme outils d’imagerie d’ARN. La stratégie utilisée par Alexis Autour et ses collaborateurs a permis la découverte de nouveaux aptamères très prometteurs pour l’étude de la fonction et la dynamique des ARN in vitro et in vivo dans les cellules de mammifères.
Contact
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IBMC, doctorant sous la direction de Dr Michaël Ryckelynck
adresse :
IBMC
15 Rue René Descartes
67000 Strasbourg
Résumé de l'article
Despite having many key roles in cellular biology, directly imaging biologically important RNAs has been hindered by a lack of fluorescent tools equivalent to the fluorescent proteins available to study cellular proteins. Ideal RNA labelling systems must preserve biological function, have photophysical properties similar to existing fl uorescent proteins, and be compatible with established live and fixed cell protein labelling strategies.
Here, we report a micro fluidics-based selection of three new high-affinity RNA Mango fluorogenic aptamers. Two of these are as bright or brighter than enhanced GFP when bound to TO1-Biotin. Furthermore, we show that the new Mangos can accurately image the subcellular localization of three small non-coding RNAs (5S, U6, and a box C/D scaRNA) in fixed and live mammaliancells. These new aptamers have many potential applications to study RNA function anddynamics both in vitro and in mammalian cells.
