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Agée de 31 ans, Amandine Bonnet a suivi des études à l'ENS Cachan. Après une spécialisation en virologie, elle réalise une thèse dans le laboratoire du Dr Claudine PIQUE (Institut Cochin, Paris) sur la protéine Tax du rétrovirus oncogène HTLV (Human T-cell Leukemia Virus). Durant cette thèse, soutenue en 2012, elle étudie les mécanismes moléculaires détournés par Tax pour favoriser la propagation du virus et pouvant induire la transformation cellulaire. Au cours de son post-doctorat avec le Dr Benoit PALANCADE (Institut Jacques Monod, Paris), elle a souhaité mieux comprendre les processus régulant l’expression et l’intégrité des génomes eucaryotes en utilisant Saccharomyces cerevisiae comme modèle d'étude. Elle a notamment mis en évidence que les introns préviennent l'accumulation des hybrides ADN-ARN ou R-loops, des structures génotoxiques menaçant la stabilité des génomes eucaryotes. Ce travail, publié dans Molecular Cell, a révélé que cette nouvelle fonction des introns est conservée au cours de l’évolution et confirme que l’organisation du génome est optimisée pour permettre à la fois son expression et sa stabilité. Elle s’intéresse dorénavant aux conséquences de la présence des rétrotransposons sur l’intégrité des génomes eucaryotes dans l'équipe du Dr Pascale LESAGE à l'Institut Universitaire d'Hématologie (Hôpital Saint-Louis, Paris).