Laboratory of Biochemistry-Ecole Polytechnique, Palaiseau, France Structure of the Active Form of Dcp1-Dcp2 Decapping Enzyme Bound to m7GDP and Its Edc3 Activator. Nat Struct Mol Biol, 2016, 23(11) pp 982-86 Clément Charenton, Valerio Taverniti, Claudine Gaudon-Plesse, Régis Back, Bertrand Séraphin and Marc Graille.
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Agé de 27 ans, Clément Charenton a effectué ses études au sein du département de biologie de l'École Normale Supérieure de Cachan et s'est orienté vers les domaines de la biochimie et de la biologie structurale en intégrant le master «Ingénierie des Biomolécules » de l'université Paris Sud. Pendant sa thèse réalisée au Laboratoire de Biochimie de l'École Polytechnique, sous la direction de Marc Graille, il a décrit les mécanismes moléculaires contrôlant la dégradation de la coiffe protectrice présente à l'extrémité 5' des ARNm eucaryotes. Ses travaux, en collaboration avec l'équipe de Bertrand Séraphin (IGBMC, Strasbourg), ont notamment permis de décrire la première structure de Dcp2, l'enzyme responsable de l'élimination de la coiffe, en complexe avec deux activateurs protéiques (Dcp1 et Edc3) et avec le produit de la réaction de clivage de la coiffe. Cette structure a permis d'expliquer toutes les données de biochimie et de biophysique accumulées depuis une dizaine d'année sur ce sujet.
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Laboratoire de biochimie de l'école polytechnique
F-91128 Palaiseau Cedex
Résumé de l'article
Elimination of the 5′ cap of eukaryotic mRNAs, known as decapping, is considered to be a crucial, irreversible and highly regulated step required for the rapid degradation of mRNA by Xrn1, the major cytoplasmic 5′-3′ exonuclease. Decapping is accomplished by the recruitment of a protein complex formed by the Dcp2 catalytic subunit and its Dcp1 cofactor. However, this complex has a low intrinsic enzymatic activity and requires several accessory proteins such as the Lsm1–7 complex, Pat1, Edc1–Edc2 and/or Edc3 to be fully active. Here we present the crystal structure of the active form of the yeast Kluyveromyces lactis Dcp1–Dcp2 enzyme bound to its product (m7GDP) and its potent activator Edc3. This structure of the Dcp1–Dcp2 complex bound to a cap analog further explains previously published data on substrate binding and provides hints as to the mechanism of Edc3-mediated Dcp2 activation.
