Département de Biochimie, Université de Sherbrooke A 3’ external transcribed spacer in a tRNA transcript acts as a sponge for sRNAs to prevent transcriptional noise Molecular Cell. 2015 May 7; 58(3):393-405 Lalaouna, D., Carrier, M.C., Semsey, S., Brouard, J.S., Wade, J.T. and Massé, E
Cv
Agé de 30 ans, je suis postdoctorant dans le laboratoire du Pr. Eric Massé (Université de Sherbrooke, Canada). Après des études à l'Université de Strasbourg, j'ai effectué ma thèse dans le laboratoire du Dr. Wafa Achouak (Université d'Aix-Marseille) sur le rôle d’ARN non-codants régulateurs dans l’adaptation de Pseudomonas brassicacearum à la rhizosphère et aux fluctuations de l’environnement. Cette étude a permis d’identifier trois ARN régulateurs impliqués dans la variation phénotypique de Pseudomonas brassicacearum. Je m'intéresse maintenant aux réseaux de régulation des petits ARN régulateurs chez Escherichia coli. Nous avons développé au laboratoire une technique (MAPS pour MS2-affinity purification coupled with RNA sequencing) qui nous permet de caractériser en profondeur le « targetome » d’un ARN spécifique. Les résultats obtenus m'ont poussé à étendre mes recherches aux fragments d'ARN issus des transcrits d'ARN de transfert. Ces derniers ont longtemps été considérés comme de simples déchets relâchés lors de la maturation des ARNt. Cependant, mes travaux ont montré l’importance de ces molécules au sein de la cellule bactérienne
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Résumé de l'article
During ribosomal and transfer RNA maturation, external transcribed spacer (ETS) and internal transcribed spacer (ITS) sequences are excised and, as non-functional by-products, are rapidly degraded. However, we report that the 3'ETS of the glyW-cysT-leuZ polycistronic tRNA precursor is highly and specifically enriched by co-purification with at least two different small regulatory RNAs (sRNAs), RyhB and RybB. Both sRNAs are shown to base pair with the same region in the 3'ETS of leuZ (3'ETS(leuZ)). Disrupting the pairing by mutating 3'ETS(leuZ) strongly increased the activity of sRNAs, even under non-inducing conditions. Our results indicate that 3'ETS(leuZ) prevents sRNA-dependent remodeling of tricarboxylic acid (TCA) cycle fluxes and decreases antibiotic sensitivity when sRNAs are transcriptionally repressed. This suggests that 3'ETS(leuZ) functions as a sponge to absorb transcriptional noise from repressed sRNAs. Additional data showing RybB and MicF sRNAs are co-purified with ITS(metZ-metW) and ITS(metW-metV) strongly suggest a wide distribution of this phenomenon.