Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire


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Thèse en bioinformatique : caractérisation de Longs ARN non codants de microalgues

Mer Molecules Santé

Ce projet se propose d’identifier, par des outils bioinformatiques, les longs ARNnon codants chez deux espèces de microalgues, Haslea ostreariaet Tisochrysis lutea.

Les microalgues forment le phytoplancton. Elles sont à l’origine de l’essentiel de la production primaire en milieu marin. Haslea ostreariaest une microalgue qui contient de la marennine, un pigment bleu à l’origine du verdissement des huîtres (fines de claires vertes). La marennine est notamment étudiée pour ses propriétés anti-microbiennes. Tisochrysis luteaest une microalgue abondante dans le phytoplancton marin. Elle sert d’aliment (algue fourrage) en écloserie et en aquaculture.

Les LncARN sont caractérisés par une taille supérieure à 200 nucléotides. Ils ne présentent pas de cadre de lecture ouvert (ORF), ne codent donc pas de protéines mais peuvent produire de petits peptides. Comme les ARNm, les LncARN possèdent une coiffe en région 5’ et sont polyadénylés en région 3’, même si la polyadénylation n’est pas une règle absolue pour eux. Certains lncARN sont épissés alors que d’autres ne le sont pas. Bien que leurs fonctions soient encore largement méconnues, ils interviennent dans la régulation de l’expresssion des gènes.

L’objectif essentiel du projet consistera à recenser les longs ARNnon codants et à identifier les séquences d’ADN qui leur donnent naissance. Une attention particulière sera portée sur les éléments transposables, qui sont des séquences d’ADN mobiles pouvant se déplacer dans le génome et qui pourraient produire une part non négligeable des longs ARN non codants.

Les éléments transposables (ET) sont des séquences d’ADN qui pour se déplacer dans les génomes utilisent soit un intermédiaire ARN, ce sont les éléments de classe I soit directement la séquence de l’élément déplacé alors directement sous forme d’ADN, ce sont les éléments de classe II. L’ensemble des éléments transposables d’un génome peut constituer une part conséquente de l’ADN, variant de quelques pourcents chez les bactéries à plus de 90% dans certains végétaux. Chez la microalgue Tisochrysis lutea, une première estimation indique une proportion d’ET supérieure à 20%. Si les ET contiennent les gènes permettant la production des enzymes de la transposition, de très nombreux d’entre eux ont des gènes mutés empêchant la synthèse de ces enzymes. Cependant, la  production d’ARN non codants à partir de séquences d’ET mutées n’est pas à exclure.

Les données dont nous disposons à ce jour : le génome de référence de Tisochrysis lutea, et plusieurs transcriptomes affiliés. Le génome d’Haslea ostrearia est en cours d’acquisition ainsi que les transcriptomes associés.

Le/la candidat(e) sera titulaire d'un Master en bioinformatique  et aura de solides compétences et une grande autonomie en bioinformatique ; des connaissances en biologie (structure et évolution des génomes) seront appréciées.

Les dossiers de candidature sont à retrouver sur le site : https://theses.u-bretagneloire.fr/sml  onglet SVE, labo Mer Molecules Santé / Le Mans

Publiée le
28.04.2020
Chargé de dossier
Chenais Benoit
Email du contact
Type de contrat
Thèse
Lieu
Le Mans
Rémunération
A pourvoir pour
01.10.2020