Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire


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ENSEIGNANT-CHERCHEUR "BIOCHIMIE ET BIOLOGIE MOLÉCULAIRE INFORMATIQUE"

ENSTBB

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Poste concerné

Corps :
N° emploi :PR ☐ MCF ☒ MCF 0075
Motif vacance : Concours
Nom ancien occupant : Composante / Laboratoire :

Sébastien Vilain ENSTBB/CBMN

 

 
 Alternativement le ou la candidate aura une formation initiale en informatique/bio-informatique (niveau M2) avec une expérience (doctorat – post-doctorat) sur des sujets alliant problématiques médicales ou de bio-production et l’informatique.

Enseignement : filière de formation, objectifs pédagogiques, besoin d’encadrement

Composante d’accueil : ENSTBB

Contact : Norbert BAKALARA, directeur de l’ENSTBB (norbert.bakalara@bordeaux-inp.fr)

L'ENSTBB propose une formation d'ingénieurs en biotechnologie en formation initiale sous statut étudiant et/ou en contrat de professionnalisation ainsi qu'un ensemble de formations continues spécifiques du secteur des biotechnologies en santé.

Contexte d’un enseignement de statistiques dans la formation des ingénieurs de l’ENSTBB :

La connectivité et la data constituent les bases de l’usine 4.0 dans laquelle évolueront les ingénieurs de l’ENSTBB.
Dans les étapes de développement d’un bio-médicament, l’analyse des données « omics » de grand volume est devenu un enjeu stratégique dans un environnement hautement concurrentiel.

Dans les étapes de production industrielle d’un bio-médicament, l’enjeu est devenu la gestion de « data stream » en temps réel avec l’intégration de données historiques pour appuyer des décisions intelligentes automatisées.

Objectifs pédagogiques et objectifs d’encadrement :

Dans le cadre de ses activités d’enseignement, le(a) candidat(e) devra mettre en place de nouvelles approches pédagogiques basées sur la pratique en s’appuyant sur des projets portant sur des problématiques concrètes afin de former les étudiants aux outils et méthodes des technologies intelligentes. Quel outil utiliser, quand, comment ?

Cet enseignement s’articulera autour de trois outils et méthodes : l’analyse de données classiques (biostatistiques – plan d’expérience), l’analyse et la prise de décision à partir de larges bases de données « big data and data mining » ainsi que l’apprentissage automatique (machine learning).
En collaboration avec les enseignants de l’ENSTBB, la personne recrutée participera par ses activités d’enseignement à la formation des élèves-ingénieurs de l’école et aux activités de tutorat.

Profil candidat

Le ou la candidat(e) aura une formation initiale en biologie (niveau L3 minimum) et une expérience (doctorat – post-doctorat) sur des sujets alliant problématiques médicales ou de bio-production et des connaissances solides en bio-informatique.

Une pratique d’un enseignement en bio-informatique sera un plus.

Formation concernée :

La personne recrutée participera aux enseignements en 1ère, 2ème et 3ème année du cursus « ingénieur » de l’ENSTBB.

Mots clés :
Big data, Data Stream, Analyse de données, Apprentissage automatique, Plans d’expériences, (Bio)- médical ou Bio-Production

Recherche

Laboratoire d’accueil : CBMN

Contact : Sophie LECOMTE, directrice du CBMN (sophie.lecomte@u-bordeaux.fr)

La personne recrutée s’intégrera dans le laboratoire de Chimie Biologie des Membranes et Nano-objets (CBMN, UMR 5248) dans l’équipe dont fait partie Jean-Christophe Taveau, Professeur en Bio- informatique avec une ouverture vers les équipes de CBMN produisant de larges quantités de données (big data) nécessitant une analyse poussée à base de méthodes par apprentissage (machine learning) communément regroupées sous l’appellation Intelligence Artificielle.

La personne recrutée sera rattachée à l’équipe de Dr. Olivier Lambert (Architecture de complexes membranaires et processus cellulaires) dont une des thématiques concerne les études structure- fonction de transporteurs membranaires par bio-informatique structurale. Cette thématique s’intéresse plus particulièrement à l’analyse des mécanismes de résistance aux antibiotiques par les pompes à efflux chez les bactéries pathogènes impliquées dans les maladies nosocomiales.

La principale activité du candidat sera de mettre à profit ses compétences en bio-informatique (machine learning – clustering, classification, deep learning, etc.) utilisées pour la détermination quasi-atomique des structures 3D de protéines.

Ses compétences pourront être plus largement déployées au sein de CBMN en collaboration avec d’autres équipes de CBMN.

Pour ce profil de recherche, la personne recrutée devra avoir une forte expertise en bio-informatique dans un contexte d’analyse de systèmes biologiques. A moyen terme, il s’agit aussi pour CBMN d’implanter l’infrastructure et les outils nécessaires pour intégrer dans ses équipes la révolution numérique en biologie.

Mots clés :
Bio-informatique, Structure et fonction des protéines.

Justificatif du profil demandé

Former les étudiants aux outils et méthodes des technologies intelligentes pour répondre aux besoins en recrutement de l’usine 4.0

Job Profile (2 lignes en Anglais maximum)page6image58408960Train students in the tools and methods of intelligent technologies to meet the recruitment needs of industry 4.0

Research fields EURAXESS

Publiée le
28/02/2020
Chargé de dossier
BAKALARA Norbert
Email du contact
Type de contrat
Autre
Lieu
BORDEAUX
Rémunération
A pourvoir pour
01/09/2020