Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire


Lauriane Gross - Février 2018

Université de Strasbourg, CNRS, Architecture et Réactivité de l'ARN, UPR 9002, Strasbourg The IRES 5΄UTR of the dicistrovirus cricket paralysis virus is a type III IRES containing an essential pseudoknot structure  Nucleic Acids Research 2017 45:8993–9004 doi: 10.1093/nar/gkx622 Lauriane Gross, Quentin Vicens, Evelyne Einhorn, Audrey Noireterre, Laure Schaeffer, Lauriane Kuhn, Jean-Luc Imler, Gilbert Eriani, Carine Meignin and Franck Martin

Cv

Actuellement en troisième année de doctorat, Lauriane GROSS, a obtenu une Licence puis un Master de Biologie et Génétique Moléculaire à l’Université de Strasbourg. Pour son stage de Master M2 elle a intégré l’équipe du Dr. Gilbert ERIANI « Evolution des systèmes d’initiation de la traduction chez les eucaryotes » à l’IBMC à Strasbourg. Elle effectue son doctorat dans cette même équipe sous la direction du Dr. Franck MARTIN, où elle s’intéresse aux  mécanismes moléculaires utilisés par le Virus de la Paralysie du Cricket (CrPV) pour pirater la machinerie traductionnelle de son hôte et synthétiser ses propres protéines virales. Ce dicistrovirus possède, dans son ARN génomique, deux phases codantes (ORF). L’initiation de la traduction des deux ORFs est contrôlée par des ‘sites d’entrée interne du ribosome’ (IRES). Ces structures d’ARN permettent au virus d’attirer puis de détourner les ribosomes et les facteurs d’initiation de la traduction de l’hôte de manière à traduire de façon rapide et efficace ses protéines virales. L’IRES de la région intergénique qui régit l’ORF2 a été largement étudié. En revanche, l’IRES de l’ORF1 était jusqu’à présent très mal connu. Dans cet article, les auteurs décrivent la structure de l’IRES et les mécanismes moléculaires permettant à l’IRES de diriger la synthèse des protéines de l’ORF1. Ils identifient également les facteurs d’initiation de la cellule hôte requis pour la traduction par cet IRES. L’ensemble de ces résultats a permis aux auteurs de conclure que cet IRES appartient à la classe III de la classification de ces éléments ribonucléiques.

Contact

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CNRS UPR 9002 - Architecture et Réactivité de l'ARN
Equipe du Dr Gilbert ERIANI
IBMC, 15 rue René Descartes
67084 Strasbourg Cedex

Résumé de l'article

Cricket paralysis virus (CrPV) is a dicistrovirus. Its positive-sense single-stranded RNA genome contains two internal ribosomal entry sites (IRESs). The 5' untranslated region (5'UTR) IRES5'UTR mediates translation of non-structural proteins encoded by ORF1 whereas the well-known intergenic region (IGR) IRESIGR is required for translation of structural proteins from open reading frame 2 in the late phase of infection. Concerted action of both IRES is essential for host translation shut-off and viral translation. IRESIGR has been extensively studied, in contrast the IRES5'UTR remains largely unexplored. Here, we define the minimal IRES element required for efficient translation initiation in drosophila S2 cell-free extracts. We show that IRES5'UTR promotes direct recruitment of the ribosome on the cognate viral AUG start codon without any scanning step, using a Hepatitis-C virus-related translation initiation mechanism. Mass spectrometry analysis revealed that IRES5'UTR recruits eukaryotic initiation factor 3, confirming that it belongs to type III class of IRES elements. Using Selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension and DMS probing, we established a secondary structure model of 5'UTR and of the minimal IRES5'UTR. The IRES5'UTR contains a pseudoknot structure that is essential for proper folding and ribosome recruitment. Overall, our results pave the way for studies addressing the synergy and interplay between the two IRES from CrPV.